香蕉是当今世界产量最高的水果,是热带、亚热带地区的主要粮食作物之一。栽培香蕉起源复杂,基因组杂合度高、分型困难,导致其基因组研究相对落后于其他栽培作物。三倍体香蕉是全球栽培香蕉的主力军,其中Cavendish香蕉(AAA)因为易于运输而被大量栽种,其产量约占据香蕉市场的50%。Cavendish香蕉高质量分型基因组的组装和注释将有助于深刻理解栽培香蕉的起源和驯化历史,为香蕉种质资源的遗传评价和种质创新奠定坚实基础。
近日,记者从华南国家植物园获悉,该园黄慧润副研究员、硕士研究生刘鑫以及热带作物生物育种全国实验室-中国农业科学院深圳基因组研究所博士研究生Rida Arshad等,研究使用PacBio HiFi、ONT ultra-long和Hi-C测序数据,对巴西蕉(Cavendish的一个高产和优质品种)进行了从端粒到端粒且区分单倍型的从头组装。
同时,科研人员在不同亚基因组的不同染色体上,发现存在部分明显的易位,随后对基因家族扩张收缩历史进行模拟,发现与果实品质及风味相关的基因家族发生了显著的扩张,包括蔗糖/二糖/寡糖代谢通路、淀粉代谢通路以及芳香物质合成相关通路。另一部分显著扩张的基因家族则富集到花粉发育通路,这可能和巴西蕉的单性结实和不育相关。
科研人员进一步对巴西蕉全基因组的抗性基因进行筛选,并首次在香蕉中解析了多倍体亚基因组的差异表达模式,发现亚基因组间呈现高度差异表达,进一步印证了巴西蕉亚基因组之间的分化。这次三倍体香蕉基因组的成功解析为香蕉遗传学和育种提供了重要资源。
相关研究论文近期在线发表在国际学术期刊Horticulture Research(《园艺研究》)上。
文、图/广州日报·新花城记者:黄岚 通讯员:黄慧润、刘鑫、周飞
广州日报·新花城编辑:吴一钒